數碼顯微鏡應用於文物保護研究，隨著近年來國家對古文物保顯微鏡護放大鏡，研究工作的深入和重視，對於這方面的研究的儀器設備也在不斷增加，呈現出大好的發展氣像，對於很多出土文物的鑒定。比如陶器，瓷器，金屬，古文書籍，木材等等，有很多大型分析儀器可以實現研究。比如電子顯微鏡，熒光顯微鏡，金相分析儀等等。目前很多文物保護研究所的科學研究開始使用數碼顯微鏡，便攜小巧，方便望遠鏡攜帶，實用性強，操作方便等特點，可實現現場數據采集分析。
現北京大學考古文博學院，北京考古所，河南博物院，博物館，內蒙博物院，山西大同博物館文物修復，山東省文物保護修復中心，浙江理工大學等，都配備艾尼提數碼顯微鏡，用來對文物現場數據采集。
在分析鑒定方面，主要以以下幾方面的應用為主：
1，顏色分析，文物的色彩是鑒定工作的出發點，利用數碼顯微鏡對古文物顏色的鑒定可以縮小文物研究的範圍，只要選擇好合適的放大倍數，合適的顯微鏡觀察方式，很多晶體即可實現比較好的色彩還原。反映出最真實的文物顏色。
2，對於有形狀，實體文物來說，利用數碼顯微鏡最合適不過了，不破壞文物整體本身，觀察面積。
3，對於文物的大小測量，主要是通過艾尼提顯微鏡的數碼攝像部分自帶的圖像處理軟件來實現，更加精確。
4，對於出土文物的紙張，顯微進行鑒定，觀察方式可以分為兩種。一種沿纖天文望遠鏡維的方向，一種是纖維的橫截面，利用這樣的方式來制樣，可在顯微鏡上實現精確的觀察。
5，通過顯微鏡對木材進行鑒金相顯微鏡定，看木材的紋理微觀。
以上就是數碼顯微鏡應用於文物保護研究的一些最基本觀察方式，雖然利用一些大型光學顯微鏡可以實現這樣的研究，但是上述方法確實解決了大多數文物保護局的難題，可以實時實地對一些重要的文物進行分析和鑒定，現場觀察采集分析是目前考古最需要的，這樣節省時間，專家們可以更快的分析。
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